Activités  Evaluations  METAFONCTIONS

Métafonctions: cartographie des indices environnementaux pour déchiffrer la fonction des gènes

Résumé:
Les scientifiques s'intéressent de plus en plus aux méta génomes - la récolte de gènes d'organismes dans des environnements particuliers.
Le projet METAFONCTIONS, qui a démarré le 1er octobre 2005, réunit des experts dans les domaines de la bio informatique, de l'informatique, des systèmes d'information géographique et des sciences marines afin de développer un système de base de données qui met en relation des modèles génétiques dans le génome et méta génome avec des données environnementales contextuelles. Cet outil innovateur permettra aux scientifiques d'en déduire les fonctions et activités de séquences de gènes hypothétiques, fournissant ainsi une riche information sur les niches d'adaptation ainsi que sur des nouvelles enzymes et protéines pour utilisation médicale et industrielle. Le but ultime est de déterminer la fonction de gênes encore inconnus, connus sous le nom de gênes hypothétiques.

En particulier, le projet METAFONCTIONS va aider à faire une percée dans le retard actuel quant au rôle d'un grand nombre de gênes hypothétiques que le séquençage a produit. L'écologie marine, la biotechnologie, la médecine et de nombreux secteurs industriels pourraient tous bénéficier de la cartographie que METAFONCTIONS va donner au génome écologique.

Le développement de l'approche METAFONCTIONS n'est possible qu'à travers l'intégration des domaines divers d'expertise de quatre institutions en Allemagne, en Suisse et en Pologne. Cette combinaison innovante a le potentiel pour produire une technologie de large application et à haut potentiel de rendement.

La base de données du projet METAFONCTIONS est divisée en deux composantes: une partie métagénôme/séquence, gérée par l'Institut Max Planck et les autres partenaires, et une partie SIG dont le GRID-Europe est responsable. Le rôle de DEWA/GRID~Europe dans le projet METAFONCTIONS consiste à la fois au développement du serveur cartographique de méta génome, qui est l'application SIG-internet permettant de récolter et visualiser de l'information à partir de la base de données environnementale/génomique, ainsi qu'à la production de données environnementales SIG sélectionnées, qui vont constituer une base pour la visualisation et l'analyse des données dans le serveur cartographique de métagénôme. Les premiers résultats de ce projet de trois ans sont attendus dans le courant 2006.

Le PNUE/GRID-Europe a participé à la seconde rencontre des partenaires METAFONCTIONS à Poznan (Pologne) du 22 au 24 Mars 2006. Durant la rencontre, le GRID-Europe a présenté:
- un nouveau type de base de donnée qui convient à la collecte, au stockage et à l'analyse de l'information environnementale.
- une première version de l'application internet: le serveur cartographique métagénôme (MgMS), qui permet la visualisation et le téléchargement de couches d'information sélectionnées, la création de graphiques, des interrogations de la base de donnée pour des premières analyses, la production de rapports PDF ainsi que la génération et le téléchargement de méta-données(standard ISO19115).

La version 2.0 du serveur cartographique Metagénôme a été lancée le 1er mars 2007. Cette nouvelle version inclut des données sur les paramètres chimiques et physique de la vie marine aoutour du globe. Actuellement, les données du WOA (World Ocean Atlas) et du WOD (World Ocean Database) y sont disponibles, de même que les données de télédétection sur la chlorophylle (SeaWiFS).

>> metafunctions.grid.unep.ch/mapserver


Coordinateur:
•Allemagne: Institut Max Planck de Microbiologie Marine, Bremen

Partnenaires:
Université de Genève conjointement avec le Programme des Nations Unies pour l'Environnement, Global Resource Information Database – Europe
•Pologne: Institut de Science Informatique, Université de Technologie de Poznan
•Allemagne: Centre de Transfert de Technologie, BIBIS, Bremerhaven

Pour plus d'information, veuillez vous rendre sur la page de la base de données pour les ressources écologiques marines génomiques .

Lien vers le site officiel du projet Metafonctions.

Cliquer ici pour écouter l'interview (en français) de l'équipe de Metafunctions sur la radio Suisse, 26.02.2009.